Anyelo Florez, Angie Patiño-Montoya, Hernan Florez-Ríos, Madelaine Piedrahita, Juan Pablo Arias Marmolejo, Néstor Roncancio-Duque, Diana López-Alvarez, Andrés Castillo · Applied Microbiology · 2025

Characterization of the Microbiome and Virulence and Resistance Genes in the Howler Monkey ( Alouatta seniculus ) in Colombian Andean Forests

Resumo em português

O microbioma dos bugios-vermelhos-do-rio-juruá (Alouatta seniculus) está sendo estudado como um possível indicador da saúde das florestas. Esta pesquisa exploratória teve como objetivo analisar o microbioma, genes de resistência a antibióticos e fatores de virulência do bugio-vermelho-do-rio-juruá em duas florestas andinas colombianas. Um total de seis amostras foi coletado de três macacos em duas florestas diferentes. As amostras foram processadas e sequenciadas usando metabarcodificação do 16S rRNA V3-V4 e metagenômica shotgun. Nenhuma diferença significativa na diversidade microbiana foi observada entre os locais. Um total de 43 possíveis genes de resistência foi identificado, dos quais 11 estavam associados a plasmídeos, enquanto 66 genes de virulência foram detectados. Os gêneros bacterianos com maior número de genes de resistência foram Escherichia e Enterococcus, enquanto Escherichia e Citrobacter apresentaram o maior número de fatores de virulência. As bactérias eram predominantemente resistentes a fluoroquinolonas, macrolídeos e betalactâmicos, sendo a adesão o principal mecanismo de virulência. Este estudo exploratório sugere que os locais oferecem habitats semelhantes para o bugio-vermelho-do-rio-juruá e que a presença de genes de resistência se deve principalmente a mecanismos intrínsecos de resistência bacteriana e resistência natural em populações silvestres, apesar da presença ambiental de gêneros bacterianos com genes de resistência e fatores de virulência. No entanto, a aquisição por meio da interação com animais domésticos não foi avaliada.

Resumo original em inglês

The microbiome of howler monkeys is being studied as a potential indicator of forest health. This explorative research aimed to analyze the microbiome, antibiotic resistance genes, and virulence factors of the howler monkey ( Alouatta seniculus ) in two Colombian Andean forests. A total of six samples were collected from three monkeys in two different forests. The samples were processed and sequenced using 16S rRNA V3-V4 metabarcoding and shotgun metagenomics. No significant differences in microbial diversity were observed between locations. A total of 43 possible resistance genes were identified, 11 of which were associated with plasmids, while 66 virulence genes were detected. The bacterial genera with the highest number of resistance genes were Escherichia and Enterococcus , whereas Escherichia and Citrobacter exhibited the highest number of virulence factors. The bacteria were predominantly resistant to fluoroquinolones, macrolides and beta-lactams, while adherence was the dominant virulence mechanism. This exploratory study suggests that the locations provide similar habitats for howler monkeys and that the presence of resistance genes is primarily due to intrinsic bacterial resistance mechanisms and natural resistance in wild populations despite the environmental presence of bacterial genera with resistance genes and virulence factors. However, acquisition through interaction with domestic animals was not evaluated.

Espécies citadas

• Alouatta seniculus · guariba vermelha
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  Nomes populares variam entre regiões e uma mesma palavra pode designar espécies diferentes. Confira sempre o nome científico: Alouatta seniculus.