Hanninger EF, Peters KJ, Gerber L, Barratclough A, Betty EL, Palmer EI, Horvath S, Stockin KA. · Ecology and evolution · 2025

Dental Ageing Offers New Insights Into the First Epigenetic Clock for Common Dolphins (<i>Delphinus delphis</i>).

Resumo em português

Determinar a idade exata em odontocetos selvagens é essencial para compreender a dinâmica populacional, sobrevivência e reprodução, mas continua sendo logisticamente desafiador. Embora o envelhecimento epigenético esteja emergindo como uma abordagem valiosa, atualmente existem apenas nove relógios epigenéticos específicos para espécies. A maioria foi calibrada usando animais de idade conhecida em cativeiro ou populações selvagens bem estudadas. Apenas três estudos anteriores utilizaram idades dentárias de indivíduos encalhados ou capturados incidentalmente. Isso se deve a preocupações de que imprecisões na idade dentária, especialmente em animais mais velhos, possam afetar o desempenho do relógio epigenético. Para explorar essa questão, desenvolvemos o primeiro relógio epigenético específico para golfinhos (Delphinus delphis), analisando a metilação do DNA em 37.492 sítios citosina-fosfato-guanina em amostras de pele de golfinhos encalhados e capturados incidentalmente com idades dentárias estimadas. Modelos de rede elástica com validação cruzada Leave-One-Out foram aplicados a três subconjuntos: o subconjunto 'relaxado' (todos os indivíduos; n = 75, erro absoluto médio (MAE) = 2,02, r = 0,81, R² = 0,66), o subconjunto 'estrito' (excluindo indivíduos com apenas estimativas mínimas da idade dentária; n = 73, MAE = 2,29, r = 0,81, R² = 0,66), e o subconjunto 'restrito' (excluindo outliers com erros de predição > 6 anos; n = 63, MAE = 1,80, r = 0,91, R² = 0,82) para comparar o desempenho. Nossos modelos subestimaram consistentemente a idade de golfinhos > 16 anos, mesmo quando as idades dentárias mínimas foram aplicadas, sugerindo que erros absolutos entre estimativas dentárias e epigenéticas provavelmente não refletem erro do envelhecimento dentário. Além disso, o código da condição de decomposição pós-morte (DCC 1 a 3) não afetou a predição da idade, sinalizando potencial para futuros relógios epigenéticos calibrados com indivíduos encalhados e capturados incidentalmente.

Resumo original em inglês

Determining exact age in wild odontocetes is essential for understanding population dynamics, survival, and reproduction, yet remains logistically challenging. Although epigenetic ageing is emerging as a valuable approach, only nine species-specific clocks currently exist. Most have been calibrated using known-age animals in human care or well-studied wild populations. Only three previous studies have used dental ages from stranded or bycaught individuals. This is due to concerns that dental age inaccuracies, especially in older animals, may affect epigenetic clock performance. To explore this, we developed the first species-specific epigenetic clock for common dolphins ( Delphinus delphis ), analysing DNA methylation at 37,492 cytosine-phosphate-guanine sites in skin samples from stranded and bycaught dolphins with estimated dental ages. Elastic net models with Leave-One-Out Cross-Validation were applied to three subsets: the ' relaxed ' subset (all individuals; n = 75, median absolute error (MAE) = 2.02, r = 0.81, R 2 = 0.66), the ' strict ' subset (excluding individuals with minimum dental age estimates only; n = 73, MAE = 2.29, r = 0.81, R 2 = 0.66), and the ' restricted ' subset (excluding outliers with prediction errors > 6 years; n = 63, MAE = 1.80, r = 0.91, R 2 = 0.82) to compare performance. Our models consistently underestimated the age of dolphins > 16 years, even when minimum dental ages were applied, suggesting that absolute errors between dental and epigenetic estimates are unlikely to reflect the dental ageing error. Additionally, post-mortem decomposition condition code (DCC 1 to 3) did not affect age prediction, signalling promise for future epigenetic clocks calibrated with strandings and bycaught individuals.

Espécies citadas

• Delphinus delphis · golfinho-comum
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  Nomes populares variam entre regiões e uma mesma palavra pode designar espécies diferentes. Confira sempre o nome científico: Delphinus delphis.