Gabriele Zenato Lazzari, Henrique Vieira Figueiró, Caroline Charão Sartor, Emiliano Donadio, Sebastián Di Martino, Hope M. Draheim, Eduardo Eizirik · Ecology and Evolution · 2025

Development of a SNP Panel for Geographic Assignment and Population Monitoring of Jaguars (Panthera onca)

Resumo em português

RESUMO A onça-pintada (Panthera onca) é um predador de topo icônico que está ameaçado pela perda e fragmentação de habitat, além da expansão emergente da caça furtiva para o comércio ilegal de indivíduos vivos e suas partes. Para suprir a necessidade de ferramentas que melhorem a vigilância e o monitoramento das populações remanescentes, desenvolvemos um painel de polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) com suporte genômico direcionado a essa espécie. A partir de um conjunto de dados com 58 genomas completos de onça-pintada, identificamos e selecionamos SNPs altamente informativos para rastreabilidade geográfica, identificação individual, parentesco e determinação sexual. Nosso painel, denominado “Jag-SNP”, compreende 459 SNPs selecionados de um pool inicial de 13.373.949 marcadores, com base no FST inter-biomásico, seguido de rigorosa filtragem e adição de oito SNPs ligados ao sexo. Depois, selecionamos aleatoriamente subconjuntos deste painel e identificamos um conjunto de 84 SNPs que apresentou poder resolutivo semelhante. Com ambos os painéis, o de 459 SNPs e seu subconjunto de 84 SNPs, as amostras foram atribuídas com 98% de sucesso aos biomas de origem, e 65% a 69% delas foram atribuídas a até 500 km da origem. Além disso, cerca de 10 a 18 SNPs dentro desses painéis foram suficientes para distinguir indivíduos, enquanto 6 SNPs ligados ao sexo separaram perfeitamente machos e fêmeas. Utilizamos dados de genoma completo de mais 18 onças-pintadas para testar adicionalmente esses painéis, o que forneceu insights sobre relações de parentesco e permitiu a inferência da origem geográfica de amostras coletadas fora do escopo espacial do conjunto original. Esses resultados apoiam o forte potencial desses painéis como ferramenta eficiente para aplicação em projetos forenses, genéticos, ecológicos, comportamentais e de conservação voltados à onça-pintada.

Resumo original em inglês

ABSTRACT The jaguar (Panthera onca) is an iconic top predator that is threatened by habitat loss and fragmentation, along with an emerging expansion of poaching for the illegal trade of live individuals and their parts. To address the need for tools that improve surveillance and monitoring of its remaining populations, we have developed a genome‐enabled single nucleotide polymorphism (SNP) panel targeting this species. From a dataset of 58 complete jaguar genomes, we identified and selected highly informative SNPs for geographic traceability, individual identification, kinship, and sexing. Our panel, named “Jag‐SNP”, comprises 459 SNPs selected from an initial pool of 13,373,949 markers based on the inter‐biome FST, followed by rigorous filtering and addition of eight sex‐linked SNPs. We then randomly selected subsets of this panel and identified an 84‐SNP set that exhibited a similar resolving power. With both the 459‐SNP panel and its 84‐SNP subset, samples were assigned with 98% success to their biomes of origin and 65%–69% of them were assigned to within 500 km of their origin. Furthermore, ca. 10–18 SNPs within these panels were sufficient to distinguish individuals, whereas 6 sex‐linked SNPs perfectly separated males and females. We used whole‐genome data from an additional 18 jaguars to further test these panels, which provided insights into kinship relationships and allowed inference of geographic origin of samples collected outside the spatial scope of the original sample set. These results support the strong potential of these panels as an efficient tool for application in forensic, genetic, ecological, behavioral and conservation projects targeting jaguars.

Espécies citadas

• Panthera onca · onça-pintada
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  Nomes populares variam entre regiões e uma mesma palavra pode designar espécies diferentes. Confira sempre o nome científico: Panthera onca.