Lilley TM, Laine VN, Dos Santos FI, Whiting-Fawcett F, Porto DS, Otálora-Ardila A, Bernard E, Buchalski M, Fraser D, Hoyt J, Johnson J, Kawai K, Ossa G, Paterson S, Puechmaille S, Sándor AD, Shpak A, Smirnov D, Wahlberg N, Twort VG. · Molecular phylogenetics and evolution · 2026

Can't see the forest for the trees: The influence of marker type on inferred phylogenetic relationships in a cosmopolitan bat genus.

Resumo em português

Informações de alta resolução sobre relações entre espécies e diversidade biológica são criticamente necessárias para orientar esforços de conservação diante de rápidas mudanças ambientais. A sistemática, que forma a base desse conhecimento, foi revolucionada pela filogenômica, que utiliza conjuntos de dados em escala genômica. Contudo, o uso de diferentes tipos de marcadores, amostragem taxonômica não comparável e seleção do grupo externo podem levar a hipóteses filogenéticas conflitantes. Essas inconsistências dificultam a comparação entre estudos e comprometem nossa capacidade de avaliar os impactos específicos de cada marcador na resolução filogenética. A reconstrução filogenética do gênero de morcegos Myotis, que abrange mais de 140 espécies e é caracterizado por uma radiação rápida nos últimos 20 milhões de anos, tem sido particularmente afetada por esses desafios. Obter resolução filogenética em Myotis é especialmente complexo devido às diferenças sutis interespecíficas tanto em traços morfológicos quanto moleculares. Marcadores mitocondriais e nucleares frequentemente produzem árvores discordantes, influenciadas por hibridização, introgresão e variações metodológicas. Neste estudo, empregamos um conjunto taxonômico consistente de 44 táxons de Myotis para avaliar o impacto de cinco diferentes tipos de marcadores genéticos na reconstrução filogenética. Observamos discordância significativa entre as topologias derivadas de marcadores nucleares conservados e mitocondriais e constatamos que elementos transponíveis foram inadequados para resolver relações em todo o gênero. Nossos resultados também esclarecem a posição de táxons previamente problemáticos dentro do gênero. Esses achados ressaltam a importância de alinhar a escolha do marcador genético com as questões filogenéticas específicas e destacam a influência da variação taxonômica e metodológica nos resultados filogenômicos. Este trabalho fornece um arcabouço para melhorar a inferência filogenética em grupos com radiação rápida e aprimora nossa compreensão da história evolutiva em Myotis.

Resumo original em inglês

Fine-resolution information on species relationships and biological diversity is critically needed to guide conservation efforts amidst rapid environmental changes. Systematics, which forms the foundation of this knowledge, has been revolutionized by phylogenomics, utilizing genome-scale datasets. However, the use of diverse marker types, non-comparable taxon sampling, and outgroup selection can lead to conflicting phylogenetic hypotheses. These inconsistencies complicate study comparisons and hinder our ability to assess marker-specific impacts on phylogenetic resolution. The phylogenetic reconstruction of the bat genus Myotis, encompassing over 140 species and characterized by a rapid radiation in the last 20 million years, has been particularly influenced by these challenges. Achieving phylogenetic resolution in Myotis is particularly complex due to subtle interspecific differences in both morphological and molecular traits. Mitochondrial and nuclear markers often produce discordant trees, influenced by hybridization, introgression, and methodological variations. In this study, we employed a consistent taxonomic sample set of 44 Myotis taxa to evaluate the impact of five different genetic marker types on phylogenetic reconstruction. We observed significant discordance between topologies derived from conserved nuclear and mitochondrial markers and found that transposable elements were inadequate for resolving relationships across the entire genus. Our results also clarify the placement of previously problematic taxa within the genus. These findings emphasize the importance of aligning genetic marker choice with specific phylogenetic questions and highlight the influence of taxonomic and methodological variation on phylogenomic outcomes. This work provides a framework for improving phylogenetic inference in rapidly radiating groups and enhances our understanding of evolutionary history in Myotis.