Silvia Carboni, Colin Macfarland, Saul Cheves Hernandez, Andre G. Buret, Susan Kutz, Amanda D. Melin · Scientific Reports · 2026

Ecological and methodological insights from genetic and coprological profiling of gastrointestinal communities in wild howler monkeys

Resumo em português

RESUMO O trato gastrointestinal abriga uma comunidade complexa de microrganismos e parasitos helmintos que, coletivamente, contribuem para a saúde e aptidão do hospedeiro. A análise dessas comunidades oferece insights sobre diversos aspectos da ecologia alimentar, imunidade, nutrição e interações hospedeiro-parasito. No entanto, metodologias de pesquisa, como preservação de amostras e abordagem de sequenciamento, podem influenciar a forma como entendemos e caracterizamos essas características. Neste estudo, foram perfiladas as comunidades microbianas e de helmintos gastrointestinais em diferentes grupos de bugios-de-manto (Alouatta palliata palliata) selvagens da Costa Rica. Comparamos amostras armazenadas em etanol com aquelas congeladas diretamente por congelamento rápido, e contrastamos conclusões obtidas por sequenciamento 16S versus sequenciamento shotgun. Taxas bacterianas, arqueanas e eucarióticas associadas à digestão de material vegetal dominaram as comunidades gastrointestinais. Métodos de armazenamento e sequenciamento influenciaram os perfis microbianos: amostras armazenadas em etanol exibiram maior diversidade do que as congeladas, e o sequenciamento 16S detectou menor diversidade do que o shotgun. Helmintos foram detectados via microscopia coprológica em 71% dos indivíduos, enquanto a detecção metagenômica foi inconsistente. Este estudo fornece novos dados sobre os microrganismos e suas funções digestivas putativas no trato intestinal de um primata folívoro e destaca os prós e contras das diferentes escolhas metodológicas ao perfilarmos as interações hospedeiro-microbioma e hospedeiro-parasito.

Resumo original em inglês

Abstract The gastrointestinal tract hosts a complex community of microorganisms and helminth parasites that collectively contribute to host health and fitness. Analysis of these communities provides insight into diverse aspects of host dietary ecology, immunity, nutrition, and host-parasite interactions. However, research methodologies, such as sample preservation and sequencing approach, can influence how we understand and characterize these features. Here, we profiled the gastrointestinal microbial and helminth communities in different groups of wild Costa Rican mantled howler monkeys (Alouatta palliata palliata). We compared samples stored in ethanol versus directly flash frozen, and contrasted conclusions drawn from 16S versus shotgun sequencing approaches. Bacterial, archaeal, and eukaryotic taxa associated with the digestion of plant material dominated the GI communities. Storage and sequencing methods influenced microbial profiles: ethanol-stored samples exhibited higher diversity than frozen samples, and 16S sequencing detected lower diversity than shotgun. Helminths were detected via coprological microscopy in 71% of individuals, whereas metagenomic detection was inconsistent. This study provides new data on the microorganisms and their putative digestive functions in the gut of a folivorous primate, and highlights the pros and cons of different methodological choices when profiling host-microbiome and host-parasite interactions.

Espécies citadas

• Alouatta palliata · bugio-da-américa-central
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  Nomes populares variam entre regiões e uma mesma palavra pode designar espécies diferentes. Confira sempre o nome científico: Alouatta palliata.