Nicolas Luna, Carolina Hernández, Angie L. Ramírez, Plutarco Urbano, Karen Barragán, Catalina Ariza, Marina Muñoz, Luz H. Patiño, Juan David Ramírez · Animal Microbiome · 2026

Ecological insights into the cross-domain microbiome interactions in the hematophagous bat Desmodus rotundus

Resumo em português

RESUMO CONTEXTO Morcegos são reconhecidos como reservatórios de uma ampla variedade de microrganismos, incluindo vírus, bactérias, fungos e parasitas, alguns dos quais de interesse zoonótico. O morcego-vampiro-comum (Desmodus rotundus) é particularmente importante devido ao seu comportamento hematófago e à adaptabilidade ecológica, que aumentam seu potencial para a transmissão de patógenos entre espécies. Apesar de sua relevância na saúde pública, as comunidades microbianas associadas a D. rotundus permanecem pouco caracterizadas. Este estudo teve como objetivo investigar a composição, diversidade e interações das comunidades procarióticas, eucarióticas e virais, junto com as fontes alimentares, utilizando sequenciamento de alto rendimento em 27 indivíduos de D. rotundus de uma área rural em Casanare, leste da Colômbia. RESULTADOS Analisamos um total de 81 amostras (sangue, fezes e swabs orais) utilizando sequenciamento de amplicons de longa leitura dos genes 16S e 18S rRNA e metagenômica viral por Oxford Nanopore Technologies. Os perfis microbianos revelaram agregados altamente diversos, abrangendo uma ampla variedade de táxons bacterianos, fúngicos, parasitas eucarióticos e virais, com variações significativas na estrutura e nas métricas de diversidade comunitária entre os três tipos de amostra coletados de cada morcego. Foram detectados táxons de interesse para a saúde pública, incluindo Enterococcus faecalis, espécies de Mycoplasma, espécies de Acanthamoeba e vírus das famílias Coronaviridae, Retroviridae e Circoviridae. Análises de correlação sugeriram potenciais interações intra e interdomínios e dinâmicas de coocorrência entre esses microrganismos. Além disso, a análise das fontes alimentares, baseada nas atribuições de vertebrados a partir de amostras de fezes e swabs, indicou evidências de consumo de gado, sugerindo possíveis vias de transmissão entre morcegos e animais domésticos. CONCLUSÕES A detecção de múltiplos patógenos coocorrentes em distintos tipos de amostra, associada às suas fontes alimentares, destaca o papel do morcego-vampiro-comum (Desmodus rotundus) como um reservatório funcionalmente especializado capaz de hospedar e potencialmente disseminar micróbios zoonóticos. Este estudo oferece novos insights sobre a ecologia microbiana interdomínios de morcegos hematófagos e enfatiza a necessidade de integrar o perfil das comunidades microbianas com dados comportamentais do hospedeiro para aprimorar estratégias de vigilância e mitigação na transmissão de doenças zoonóticas.

Resumo original em inglês

Abstract Background Bats are recognised as reservoirs for a wide range of microorganisms, including viruses, bacteria, fungi, and parasites, some of which are of zoonotic concern. The common vampire bat (Desmodus rotundus) is particularly important due to its hematophagous feeding behaviour and ecological adaptability, both of which enhance its potential for cross-species pathogen transmission. Despite its well-established relevance to public health, the microbial communities associated with D. rotundus remain poorly characterised. This study aimed at investigating the composition, diversity, and interactions of prokaryotic, eukaryotic, and viral communities, alongside feeding sources, using high-throughput sequencing in 27 D. rotundus individuals from a rural area in Casanare, eastern Colombia. Results We analysed a total of 81 samples (blood, faeces, and oral swabs) using long-read amplicon sequencing of the 16S- and 18S-rRNA genes and viral metagenomics via Oxford Nanopore Technologies. The microbial profiles revealed highly diverse assemblages, encompassing a wide range of bacterial, fungal, eukaryotic parasites, and viral taxa, with significant variation in community structure and diversity metrics across the three sample types collected from each bat. Taxa of public health concern were detected, including Enterococcus faecalis, Mycoplasma spp. Acanthamoeba spp. and viruses from the families Coronaviridae, Retroviridae, and Circoviridae. Correlation analyses suggested potential intra- and inter-domain interactions and co-occurrence dynamics among these microbes. Additionally, feeding source profiling, based on vertebrate assignments from faeces and swab samples, indicated evidence of livestock consumption, suggesting possible transmission pathways between bats and domestic animals. Conclusions The detection of multiple co-occurring pathogens across distinct sample types, coupled with their association with feeding sources, highlights the role of D. rotundus as a functionally specialised reservoir capable of harbouring and potentially disseminating zoonotic microbes. This study provides new insights into the cross-domain microbial ecology of hematophagous bats and underscores the need to integrate microbial community profiling with host behavioural data to enhance surveillance and mitigation strategies for zoonotic disease transmission.

Espécies citadas

• Desmodus rotundus · morcego-vampiro
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  Nomes populares variam entre regiões e uma mesma palavra pode designar espécies diferentes. Confira sempre o nome científico: Desmodus rotundus.