Lorenzo De Bonis, Bogna Griffin, Sean O'Callaghan, Mags Daly, Jade Maes, Simon Berrow, Luca Mirimin · Ecology and Evolution · 2026

Enhancing Intra‐Specific Population Genetic Studies of Bottlenose Dolphins (Tursiops truncatus) in Irish Waters by Integrating Least Invasive Sampling and Environmental DNA (eDNA)

Resumo em português

RESUMO Estudos de genética populacional fornecem dados importantes para a conservação e manejo baseados em evidências de espécies de mamíferos marinhos. A obtenção de tecido e material genético desses animais é desafiadora, frequentemente resultando em tamanhos de amostra limitados. No entanto, métodos emergentes de amostragem menos invasivos, como DNA extra-organísmico (ex.: borrifos) e DNA ambiental (eDNA) (ex.: água), têm potencial para fornecer amostras adicionais para estudos genéticos intraespecíficos. Assim, este estudo teve como objetivo investigar a estrutura genética populacional dos golfinhos-nariz-de-garrafa (Tursiops truncatus) irlandeses, corroborando amostras obtidas por métodos diretos (ex.: biópsias de golfinhos em vida livre e tecido de golfinhos mortos) (n = 67) com amostras coletadas por métodos indiretos menos invasivos (eDNA isolado da água, ou DNA extra-organísmico de borrifos, fezes e pele descamada, coletados oportunisticamente em proximidade a indivíduos) (n = 52). Usando 15 marcadores microssatélites, uma porção de 540 pb da região controle do DNA mitocondrial (mtDNA) e marcadores nucleares de sexo, informações genéticas intraespecíficas foram obtidas a partir de amostras coletadas por métodos indiretos, incluindo haplótipos mtDNA previamente conhecidos recuperados em 11 amostras (taxa de sucesso de 21%) e genótipos microssatélites consistentes em 5 de 15 marcadores, suficientes para atribuir indivíduos à população de origem. Este trabalho resultou no estudo genético populacional mais abrangente de golfinhos-nariz-de-garrafa irlandeses até o momento (140 indivíduos), confirmando a presença de três populações geneticamente distintas, nomeadamente um ecótipo offshore e duas populações residentes costeiras (o estuário do Shannon e a população Connemara-Mayo-Donegal). Importante, os achados deste estudo fornecem evidência corroborativa de que golfinhos do Shannon utilizam a baía de Brandon (Co. Kerry) como área chave de forrageamento, que se encontra fora da atual área especial de conservação (SAC) do estuário do Shannon, defendendo assim a revisão dessas delimitações. Além disso, este estudo incluiu amostras de vários golfinhos “solitários” irlandeses, que foram geneticamente atribuídos ao ecótipo offshore, destacando ainda a amostragem menos invasiva, incluindo eDNA, como ferramenta promissora para o estudo da variação genética intraespecífica.

Resumo original em inglês

ABSTRACT Population genetic studies provide important data for evidence‐based conservation and management of marine mammal species. Obtaining tissue and genetic material from marine mammals is challenging, often leading to limited sample sizes, however emerging least‐invasive sampling methods, such as extra‐organismal DNA (e.g., blows) and environmental DNA (eDNA) (e.g., water), have the potential to provide additional samples for intra‐specific genetic studies. Thus, this study aimed at further investigating population genetic structure of Irish bottlenose dolphins (Tursiops truncatus) by corroborating samples sourced with direct methods (e.g., biopsies of free‐ranging dolphins and tissue from dead dolphins) (n = 67) with samples collected using least invasive indirect methods (eDNA isolated from water, or extraorganismal DNA from blows, faeces, and sloughed skin, collected opportunistically in proximity to individuals) (n = 52). Using 15 microsatellite markers, a 540 bp portion of mitochondrial DNA (mtDNA) control region and nuclear sex markers, intra‐specific genetic information was obtained from samples sourced with indirect methods, including previously‐known mtDNA haplotypes recovered from 11 samples (21% success rate) and consistent microsatellite genotypes from 5 of 15 markers, sufficient for assigning individuals to population of origin. This work led to the most comprehensive population genetic study of Irish bottlenose dolphins to date (140 individuals), confirming the presence of three genetically distinct populations, namely an offshore ecotype and two coastal resident populations (the Shannon Estuary and the Connemara‐Mayo‐Donegal population). Importantly, findings from this study provide corroborative evidence that Shannon dolphins use Brandon Bay (Co. Kerry) as a key foraging area, which is outside the current Shannon Estuary Special Area of Conservation (SAC) boundary, hence advocating a revision of such boundaries. Additionally, this study included samples from a number of Irish “solitary” dolphins, which were genetically assigned to the offshore ecotype, further showcasing least‐invasive sampling methods, including eDNA, as a promising tools for the study of intra‐specific genetic variation.

Espécies citadas

• Tursiops truncatus · golfinho-nariz-de-garrafa
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  Nomes populares variam entre regiões e uma mesma palavra pode designar espécies diferentes. Confira sempre o nome científico: Tursiops truncatus.