Frederick I. Archer, Debbie Steel, Brandon L. Southall, Selene Fregosi, Selene Fregosi, John Calambokidis, John W. Durban, Holly Fearnbach, C. Scott Baker · Frontiers in Marine Science · 2026

Estimating genetic diversity of abundant oceanic dolphins through repeated environmental DNA sampling

Resumo em português

Introdução Estimar a diversidade genética de cetáceos no mar, particularmente de delfinídeos sociais abundantes, pode ser difícil com a amostragem tradicional de biópsias em indivíduos. A metabarcodificação de DNA ambiental (eDNA) tem se mostrado uma ferramenta poderosa para a identificação de conjuntos de espécies e estimativa de diversidade genética, especialmente em ambientes aquáticos. Métodos Coletamos 126 amostras de água do mar na vizinhança imediata de grupos de golfinhos durante 15 encontros com os quatro táxons delfinídeos mais comuns nas águas ao redor da Ilha Santa Catalina, Califórnia, EUA: golfinhos-comuns de bico longo (Delphinus delphis bairdii, n = 8), golfinhos-comuns de bico curto (Delphinus delphis delphis, n = 3), golfinhos-nariz-de-garrafa (Tursiops truncatus, n = 2) e golfinhos cinzentos (Grampus griseus, n = 2). O sequenciamento de nova geração foi usado para atribuir variantes de sequência de amplicons (ASVs) de DNA mitocondrial às espécies usando GenBank e uma base de dados de referência regional. Resultados Um total de 240 ASVs foram resolvidos para as quatro espécies. A riqueza de ASVs e o número efetivo de ASVs, ou diversidade verdadeira, medidos como números de Hill de ordem 1, foram consistentes com as características conhecidas das quatro espécies. Apesar de coletar até 12 amostras de um único grupo, uma análise de rarefação indicou que a diversidade da população não estava totalmente representada para as espécies mais abundantes (gênero Delphinus), mas foi aproximada para Grampus griseus. Discussão Este estudo demonstra a aplicação de eDNA para estimar a diversidade genética populacional de espécies abundantes e faz recomendações para melhorar futuros estudos a fim de capturar melhor essa diversidade em populações selvagens de delfinídeos. Isso fornece uma base mais sólida para estudos que usam eDNA para monitorar essas espécies, que frequentemente estão próximas a ameaças antrópicas.

Resumo original em inglês

IntroductionEstimating the genetic diversity of cetaceans at sea, particularly abundant social delphinids, can be difficult with traditional biopsy sampling of individuals. Environmental DNA (eDNA) metabarcoding has been shown to be a powerful tool for the identification of species assemblages and estimation of genetic diversity, especially in aquatic environments.MethodsWe collected 126 samples of seawater from within the immediate vicinity of schools of dolphins during 15 encounters with the four most common delphinid taxa in the waters around Santa Catalina Island, California, USA: long-beaked common dolphins (Delphinus delphis bairdii, n = 8), short-beaked common dolphins (D. d. delphis, n = 3), common bottlenose dolphins (Tursiops truncatus, n = 2), and Risso's dolphins (Grampus griseus, n = 2). Next-generation sequencing was used to assign Amplicon Sequence Variants (ASVs) of mitochondrial DNA to species using GenBank and a region-specific reference database.ResultsA total of 240 ASVs were resolved for the four species. ASV richness and the effective number of ASVs, or true diversity, measured as Hill numbers of order 1, were consistent with known characteristics of the four species. Despite collecting up to 12 samples from a single group, a rarefaction analysis indicated that the population diversity was not fully represented for the more abundant species (genus Delphinus), but were closely approximated for G. griseus.DiscussionThis study demonstrates the application of eDNA for estimating population genetic diversity of abundant species and makes recommendations for improving future studies to better capture this diversity in wild delphinid populations. This provides a more solid foundation for studies using eDNA to monitor these species, which often include those in close proximity to anthropogenic threats.

Espécies citadas

• Delphinus delphis · golfinho-comum
  ?

  Nomes populares variam entre regiões e uma mesma palavra pode designar espécies diferentes. Confira sempre o nome científico: Delphinus delphis.
• Grampus griseus · golfinho cinzento
  ?

  Nomes populares variam entre regiões e uma mesma palavra pode designar espécies diferentes. Confira sempre o nome científico: Grampus griseus.
• Tursiops truncatus · golfinho-nariz-de-garrafa
  ?

  Nomes populares variam entre regiões e uma mesma palavra pode designar espécies diferentes. Confira sempre o nome científico: Tursiops truncatus.