Milena Camargo, Jorge A Marín-Sánchez, Plutarco Urbano, Nicolas Luna, Valentina Acevedo Ramírez, Julián A Rodríguez, Davinzon Martínez, Carlos Porras, Luz H Patiño, Marina Muñoz, Juan David Ramírez · PLoS ONE · 2026

Exploring anatomical and geographical drivers of the microbiota in wild capybaras (Hydrochoerus hydrochaeris): Baseline Data for zoonotic risk assessment.

Resumo em português

Os capivaras (Hydrochoerus hydrochaeris) desempenham papéis ecológicos, culturais e econômicos importantes na Colômbia, especialmente na região do Orinoco. Sua adaptabilidade a ambientes modificados pelo homem aumenta o contato com humanos e animais, levantando preocupações sobre seu papel na transmissão de patógenos zoonóticos. Entretanto, sua microbiota permanece pouco explorada, limitando a compreensão dos potenciais riscos à saúde relevantes para conservação e manejo. As comunidades bacterianas foram caracterizadas na saliva, sangue e fezes de 28 capivaras selvagens em Casanare, Colômbia, por meio de sequenciamento do amplicon 16S-rRNA na plataforma Oxford Nanopore. O perfil taxonômico foi realizado com Kraken utilizando o banco de dados SILVA. A diversidade microbiana foi avaliada no R (phyloseq, vegan) e a abundância diferencial entre tipos de amostras e locais foi determinada com ANCOM-BC2. Após controle de qualidade, 196.281 leituras foram classificadas em 51 filos bacterianos e 1.779 gêneros. Proteobacteria, Firmicutes e Bacteroidetes dominaram os perfis em nível de filo. Em nível de gênero, a composição variou conforme o tipo de amostra e a localização. Amostras fecais exibiram a maior riqueza e diversidade bacteriana, enquanto amostras de sangue apresentaram a menor. A análise da diversidade beta usando a dissimilaridade de Bray-Curtis e PCoA revelou agrupamento distinto por tipo de amostra, corroborado por PERMANOVA. Assinaturas microbianas específicas de locais foram identificadas: Blautia e Prevotellaceae UCG-003 estavam enriquecidos em Paz de Ariporo, enquanto Trinidad apresentou maior diversidade em nível de gênero. Amostras de saliva mostraram os contrastes mais fortes, com Acinetobacter e Thiobacillus enriquecidos em Trinidad, e Tyzzerella, Arthrobacter e Histophilus mais abundantes em Paz de Ariporo. A análise da microbiota core revelou o menor número de gêneros core no sangue (um gênero), sobreposição moderada na saliva (nove gêneros) e o maior número nas fezes (13 gêneros). Padrões distintos na composição e diversidade bacteriana foram demonstrados entre tipos de amostras e localidades em capivaras selvagens. Tanto o sítio anatômico quanto a origem geográfica influenciaram a microbiota. Estes achados fornecem dados basais para apoiar pesquisas futuras sobre a microbiota da vida selvagem e seu potencial papel na saúde dos ecossistemas, conservação e transmissão zoonótica.

Resumo original em inglês

Capybaras (Hydrochoerus hydrochaeris) play important ecological, cultural, and economic roles in Colombia, particularly in the Orinoco region. Their adaptability to human-modified environments increases contact with humans and animals, raising concerns about their role in zoonotic pathogen transmission. However, their microbiota remains largely unexplored, limiting the understanding of potential health risks relevant to conservation and management. Bacterial communities were characterized in saliva, blood, and feces from 28 wild capybaras in Casanare, Colombia, through 16S-rRNA amplicon sequencing on the Oxford Nanopore platform. Taxonomic profiling was performed with Kraken using the SILVA database. Microbial diversity was assessed in R (phyloseq, vegan), and differential abundance across sample types and sites was determined with ANCOM-BC2. After quality control, 196,281 reads were classified into 51 bacterial phyla and 1,779 genera. Proteobacteria, Firmicutes, and Bacteroidetes dominated the phylum-level profiles. At the genus level, composition varied by sample type and location. Fecal samples exhibited the highest bacterial richness and diversity, whereas blood samples displayed the lowest. Beta diversity analysis using Bray-Curtis dissimilarity and PCoA revealed distinct clustering by sample type, supported by PERMANOVA. Site-specific microbial signatures were identified: Blautia and Prevotellaceae UCG-003 were enriched in Paz de Ariporo, while Trinidad showed higher genus-level diversity. Saliva samples displayed the strongest contrasts, with Acinetobacter and Thiobacillus enriched in Trinidad, and Tyzzerella, Arthrobacter, and Histophilus more abundant in Paz de Ariporo. Core microbiota analysis revealed the fewest core genera in blood (one genus), a moderate overlap in saliva (nine genera), and the highest number in feces (13 genera). Distinct patterns in bacterial composition and diversity across sample types and locations were demonstrated in wild capybaras. Both anatomical site and geographic origin influenced the microbiota. These findings provide baseline data to support future research on wildlife microbiota and its potential role in ecosystem health, conservation, and zoonotic transmission.

Espécies citadas

• Hydrochoerus hydrochaeris · capivara
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  Nomes populares variam entre regiões e uma mesma palavra pode designar espécies diferentes. Confira sempre o nome científico: Hydrochoerus hydrochaeris.