Chakrovarty T, Islam T, Haque MT, Miah R, Rafad RSJ, Anu IL, Hasan MM, Kador SM, Islam MT, Islam OK. · 2026

First Genomic Report of Epidemic Super-Lineage, Clade 2.5.6 Acinetobacter baumannii from Hospital Environmental Surfaces in Bangladesh

Resumo em português

RESUMO A Organização Mundial da Saúde classifica Acinetobacter baumannii como um patógeno nosocomial resistente a carbapenêmicos de prioridade crítica. Hospitais são reservatórios pouco reconhecidos de bactérias multidroga-resistentes (MDR), entretanto, Bangladesh possui vigilância genômica ambiental limitada, especialmente do Clonel Internacional II (IC2). A. baumannii foi isolado e caracterizado genômica a partir de 95 amostras ambientais coletadas em dois hospitais de nível distrital em Jashore, Bangladesh. Caracterização bioquímica e sequenciamento Sanger do gene 16S rRNA identificaram 38 isolados como A. baumannii (40%), dos quais 86% formavam biofilme de moderado a forte e eram universalmente resistentes a carbapenêmicos. O Clonel Internacional II foi identificado por PCR multiplex em três isolados. O sequenciamento do genoma completo cobriu dois isolados típicos, 2GbA2_JUST (leito de enfermaria de pneumonia, XDR) e A_38_JUST (água da caixa do banheiro, MDR), e a análise MLST os agrupou como ST2. A categorização por código de barras de SNP Capybara identificou positivamente ambas as amostras como Epidemic Super-Lineage Clade 2.5.6. A análise do resistoma encontrou 28 genes de resistência a antibióticos por isolado, incluindo OXA-66, OXA-23 plasmidial, ArmA, ADC-73 e três sistemas completos de efluxo RND. A análise do viruloma encontrou 17 categorias funcionais de virulência. A análise de 37 genomas de A. baumannii revelou um pangenoma aberto (γ = 0,301). Acreditamos que este seja o primeiro relato genômico de A. baumannii portador do gene bla NDM da ESL Clade 2.5.6 em superfícies hospitalares em Bangladesh.

Resumo original em inglês

Abstract The World Health Organization classifies Acinetobacter baumannii as a critical-priority carbapenem-resistant nosocomial pathogen. Hospitals are underrecognized reservoirs of multidrug-resistant (MDR) bacteria, yet Bangladesh has limited environmental genomic surveillance, especially of IC2. A. baumannii was isolated and genomically characterized from 95 environment samples collected at two district-level hospitals in Jashore, Bangladesh. Biochemical characterization and 16S rRNA Sanger sequencing identified 38 isolates as A. baumannii (40%), of which 86% were moderate-to-strong biofilm formers and universally carbapenem-resistant. International Clone II was identified by multiplex PCR using three isolates. Whole-genome sequencing covered two typical isolates, 2GbA2_JUST (pneumonia ward bed, XDR) and A_38_JUST (toilet dam water, MDR) and MLST analysis grouped them as ST2. Capybara SNP barcode categorization positively identified both samples as Epidemic Super-Lineage Clade 2.5.6. Resistome profiling found 28 ARGs per isolate, including OXA-66, plasmid-borne OXA-23, ArmA , ADC-73, and three full RND efflux systems. Virulome analysis found 17 functional virulence categories. Analysis of 37 A. baumannii genomes revealed an open pangenome (γ = 0.301). We believe this is the first genomic report of bla NDM-harboring A. baumannii of ESL Clade 2.5.6 from hospital surfaces in Bangladesh.