First insights into the miRNA landscape of Tursiops truncatus milk reveal shared dominant microRNA families with terrestrial mammals.
Resumo em português
MicroRNAs (miRNAs) são pequenos RNAs não codificadores que desempenham papéis regulatórios cruciais na expressão gênica em metazoários. Enquanto o repertório de miRNAs e suas abundâncias relativas foram amplamente estudados em mamíferos terrestres, não havia informação disponível para o leite de mamíferos marinhos. Aqui, apresentamos a primeira caracterização do panorama genômico e da abundância de miRNAs no leite do golfinho-nariz-de-garrafa (Tursiops truncatus). Utilizando uma abordagem comparativa baseada em sequências, identificamos 186 famílias conservadas de miRNAs compreendendo 354 precursores de alta confiança no genoma do golfinho. Análise comparativa entre 52 genomas de cetáceos revelou um pequeno número de eventos específicos de perda na linhagem, como mir-187 na família Delphinidae, e a ausência de nove famílias de miRNAs em todos os cetáceos. O sequenciamento de pequenos RNAs a partir de amostras de leite agrupadas confirmou a abundância detectável de 119 miRNAs, com um panorama dominado por mir-148, let-7, mir-8 e mir-21, que juntos respondem por mais de 70% de todas as leituras de miRNAs. Essas famílias dominantes incluem miRNAs frequentemente relatados no leite de mamíferos terrestres, sugerindo similaridade qualitativa no repertório principal de miRNAs do leite entre o golfinho-nariz-de-garrafa e mamíferos terrestres. Esses achados devem ser interpretados como uma caracterização exploratória, pela primeira vez suportada por sequenciamento, dos miRNAs do leite do golfinho-nariz-de-garrafa.
Resumo original em inglês
MicroRNAs (miRNAs) are small non-coding RNAs that play crucial regulatory roles in gene expression in metazoans. While the miRNA repertoire and relative abundances have been extensively studied in terrestrial mammals, no information was available for the milk of marine mammals. Here, we present the first characterization of the miRNA genomic landscape and abundance in milk in the bottlenose dolphin (Tursiops truncatus). Using a sequence-based comparative approach, we identified 186 conserved miRNA families comprising 354 high-confidence precursors in the dolphin genome. Comparative analysis across 52 cetacean genomes revealed a small number of lineage-specific loss events, such as mir-187 in Delphinidae, and the absence of nine miRNA families in all cetaceans. Small RNA sequencing from pooled milk samples confirmed the detectable abundance of 119 miRNAs, with a landscape dominated by mir-148, let-7, mir-8, and mir-21, collectively accounting for over 70% of total miRNA reads. These dominant families include miRNAs frequently reported in the milk of terrestrial mammals, suggesting qualitative similarity in the major milk miRNA repertoire between dolphin and terrestrial mammals. These findings should be interpreted as a first sequencing-supported exploratory characterization of dolphin milk miRNAs.
Espécies citadas
- Tursiops truncatus · golfinho-nariz-de-garrafa
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Nomes populares variam entre regiões e uma mesma palavra pode designar espécies diferentes. Confira sempre o nome científico: Tursiops truncatus.
Fonte e licença. Publicado sob CC BY. DOI: 10.1371/journal.pone.0356241. Ler o artigo completo na fonte ↗
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Dados de terceiros. Metadados bibliográficos do Europe PMC, DOAJ, Crossref e OpenAlex. Taxonomia do GBIF — Global Biodiversity Information Facility, Backbone Taxonomy sob CC BY 4.0.
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