Augustine Natasha, Annisa Wening Maharani Putri, Nunak Nafiqoh, Sara Puspareni Prayitno, Lila Gardenia, Hessy Novita, Tanjung Penataseputro, Agustin Indrawati, Desy Sugiani, Uni Purwaningsih, Tuti Sumiati, Dewi Syahidah, Rifky Rizkiantino, Ji Eun Park, Harimurti Nuradji, Angela Mariana Lusiastuti, Won-Keun Kim · Veterinary World · 2026

First metagenomic detection and partial genomic characterization of Bossavirus delphinidgamma1 in captive common bottlenose dolphins in Southeast Asia

Resumo em português

CONTEXTO E OBJETIVO: Bossavirus delphinidgamma1 é um gamaherpesvírus associado a golfinhos, para o qual as informações genômicas provenientes de populações de mamíferos marinhos tropicais asiáticos ainda são escassas. Este estudo teve como objetivo detectar e caracterizar parcialmente Bossavirus delphinidgamma1 em golfinhos-nariz-de-garrafa (Tursiops truncatus) mantidos em cativeiro na Indonésia e avaliar um fluxo de trabalho integrado de sequenciamento Oxford Nanopore Flongle–Illumina para vigilância viral usando amostras não invasivas e de baixo material biológico. MÉTODOS: Quinze swabs de espiráculo, anal e trato reprodutivo foram coletados de cinco golfinhos clinicamente saudáveis em cativeiro entre janeiro de 2023 e janeiro de 2025. RNA e DNA foram extraídos de amostras individuais ou agrupadas. O RNA passou por amplificação por primer único independente de sequência seguido de sequenciamento Oxford Nanopore Flongle, enquanto o DNA do Golfinho 4 foi sequenciado usando Illumina NovaSeq X. As leituras metagenômicas foram submetidas à identificação taxonômica, mapeamento referente, geração de consenso, anotação de sequências codificantes, análise de similaridade proteica, alinhamento de múltiplas sequências e análise filogenética por máxima verossimilhança. RESULTADOS: O sequenciamento Oxford Nanopore detectou sequências de Bossavirus delphinidgamma1 exclusivamente no swab anal do Golfinho 4. A corrida gerou 87.070 leituras, das quais 109 (0,12%) mapearam ao genoma viral de referência, com profundidade média de cobertura de 0,28×. O subsequente sequenciamento metagenômico de DNA das amostras agrupadas do Golfinho 4 confirmou o material genético viral. O mapeamento combinado Oxford Nanopore e Illumina cobriu 63,7% do genoma de referência, com profundidade mediana de 1×; 0,71% do genoma alcançou cobertura ≥10×. A sequência recuperada continha um gene DE1 quase completo e mais de 50% de cobertura de várias outras regiões codificantes. Doze regiões codificantes previstas apresentaram identidade de aminoácidos entre 68,9% e 97,1% com Bossavirus delphinidgamma1 ou um gamaherpesvírus de golfinho próximo. A análise filogenética posicionou a sequência indonésia junto à estirpe referência de Sarasota, com suporte bootstrap de 100%. CONCLUSÃO: Este estudo fornece a primeira evidência metagenômica e caracterização genômica parcial de Bossavirus delphinidgamma1 em golfinhos-nariz-de-garrafa em cativeiro na Indonésia e no Sudeste Asiático. A abordagem integrada de sequenciamento possibilitou a recuperação substancial de parte do genoma a partir de amostras não invasivas e apoia sua aplicação para vigilância viral exploratória em mamíferos marinhos. Estudos longitudinais maiores, incorporando confirmação molecular direcionada, sorologia e amostragem ambiental, são recomendados.

Resumo original em inglês

Background and Aim: Bossavirus delphinidgamma1 is a dolphin-associated gammaherpesvirus for which genomic information from tropical Asian marine mammal populations remains scarce. This study aimed to detect and partially characterize Bossavirus delphinidgamma1 in captive common bottlenose dolphins (Tursiops truncatus) in Indonesia and evaluate an integrated Oxford Nanopore Flongle–Illumina sequencing workflow for viral surveillance using non-invasive, low-biomass samples. Materials and Methods: Fifteen blowhole, anal, and reproductive tract swabs were collected from five clinically healthy captive dolphins between January 2023 and January 2025. RNA and DNA were extracted from individual or pooled samples. RNA underwent sequence-independent single-primer amplification followed by Oxford Nanopore Flongle sequencing, whereas DNA from Dolphin 4 was sequenced using Illumina NovaSeq X. Metagenomic reads were subjected to taxonomic identification, reference mapping, consensus generation, coding sequence annotation, protein similarity analysis, multiple-sequence alignment, and maximum-likelihood phylogenetic analysis. Results: Oxford Nanopore sequencing detected Bossavirus delphinidgamma1 sequences exclusively in the anal swab from Dolphin 4. The run generated 87,070 reads, of which 109 (0.12%) mapped to the viral reference genome, with a mean coverage depth of 0.28×. Subsequent DNA metagenomic sequencing of pooled Dolphin 4 swab extracts confirmed viral genetic material. Combined Oxford Nanopore and Illumina mapping covered 63.7% of the reference genome, with a median depth of 1×; 0.71% of the genome achieved ≥10× coverage. The recovered sequence contained a nearly complete DE1 gene and >50% coverage of several additional coding regions. Twelve predicted coding regions showed 68.9%–97.1% amino acid identity to Bossavirus delphinidgamma1 or a closely related dolphin gammaherpesvirus. Phylogenetic analysis placed the Indonesian sequence with the Sarasota reference strain, with 100% bootstrap support. Conclusion: This study provides the first metagenomic evidence and partial genomic characterization of Bossavirus delphinidgamma1 in captive common bottlenose dolphins in Indonesia and Southeast Asia. The integrated sequencing approach enabled substantial partial-genome recovery from non-invasive samples and supports its application for exploratory marine mammal viral surveillance. Larger longitudinal studies incorporating targeted molecular confirmation, serology, and environmental sampling are warranted.

Espécies citadas

• Tursiops truncatus · golfinho-nariz-de-garrafa
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  Nomes populares variam entre regiões e uma mesma palavra pode designar espécies diferentes. Confira sempre o nome científico: Tursiops truncatus.