Li M, Macori G, Mattar S, Bai L, Fanning S. · Antibiotics (Basel, Switzerland) · 2026

Genomic Epidemiology of Foodborne <i>Salmonella</i> in Colombia (2002-2009): Emergence of Novel IncHI1 and IncI1 Plasmids Harboring Metal and Multi-Drug Resistance Clusters.

Resumo em português

CONTEXTO/OBJETIVOS: Salmonella multirresistente (MDR) representa um grande desafio global de saúde pública dentro da interface One Health. Este estudo teve como objetivo caracterizar a epidemiologia genômica de isolados de Salmonella na Colômbia e resolver a arquitetura genética de plasmídeos MDR inéditos identificados em cepas transmitidas por alimentos. MÉTODOS: Um total de 90 isolados de Salmonella coletados entre 2002 e 2009 de várias fontes alimentares e animais produtores de alimentos na Colômbia foram analisados usando sequenciamento do genoma completo (WGS). Ferramentas de bioinformática foram empregadas para predição de sorotipo, tipagem por multílocus (MLST) e perfil do resistoma/viruloma. O sequenciamento de leitura longa foi utilizado para fechar as sequências completas de plasmídeos MDR representativos. RESULTADOS: 45,6% dos isolados apresentaram resistência a antimicrobianos, com sete sendo classificados como MDR. Os principais sorotipos identificados foram Uganda (n = 20), Newport (n = 10) e Braenderup (n = 10). Caracterizamos um plasmídeo IncHI1 novo de 229.037 pb (pCFS0255-1) contendo uma ilha de homeostase de cobre e resistência à prata (CHASRI) integrada com clusters de resistência à tetraciclina e macrólidos. Adicionalmente, um plasmídeo IncI1 de 99.288 pb (pCFS0255-2) com um módulo único de resistência a aminoglicosídeos foi resolvido. CONCLUSÕES: Nossos achados destacam a persistência de linhagens específicas de Salmonella na cadeia alimentar colombiana e o papel de plasmídeos híbridos na coseleção da resistência a metais e antibióticos. O estudo ressalta a necessidade da implementação de vigilância baseada em WGS para monitorar ameaças MDR emergentes.

Resumo original em inglês

Background/Objectives: Multidrug resistant (MDR) Salmonella represents a major global public health challenge within the One Health interface. This study aimed to characterize the genomic epidemiology of Salmonella isolates from Colombia and resolve the genetic architecture of novel MDR plasmids identified in foodborne strains. Methods: A total of 90 Salmonella isolates collected between 2002 and 2009 from various food sources and food-producing animals in Colombia were analyzed using whole-genome sequencing (WGS). Bioinformatics tools were employed for serotype prediction, multi-locus sequence typing (MLST), and resistome/virulome profiling. Long-read sequencing was utilized to close the complete sequences of representative MDR plasmids. Results: 45.6% of isolates exhibited antimicrobial resistance, with seven being classified as MDR. The major serotypes identified were Uganda (n = 20), Newport (n = 10), and Braenderup (n = 10). We characterized a novel 229,037 bp IncHI1 plasmid (pCFS0255-1) harboring a copper homeostasis and silver resistance island (CHASRI) integrated with tetracycline and macrolide resistance clusters. Additionally, a 99,288 bp IncI1 plasmid (pCFS0255-2) carrying a unique aminoglycoside resistance module was resolved. Conclusions: Our findings highlight the persistence of specific Salmonella lineages in the Colombian food chain and the role of hybrid plasmids in the co-selection of metal and antibiotic resistance. The study underscores the necessity of implementing WGS-based surveillance to track emerging MDR threats.