Lyndsey Kiana Tanabe, Aaron Gabriel Espinosa, Regine Hui Yi Tiong, Hie Lim Kim, Hie Lim Kim · Frontiers in Amphibian and Reptile Science · 2026

Host whole-genome sequencing reveals Scutavirus chelonidalpha5 infection in sea turtles from Singapore

Resumo em português

A fibropapilomatose (FP) é uma doença formadora de tumores que afeta tartarugas marinhas mundialmente, associada ao vírus Scutavirus chelonidalpha5 (anteriormente conhecido como chelonid alphaherpesvirus 5, ChHV5) e influenciada por estressores ambientais. Apesar de amplos estudos em outras regiões, a FP não havia sido confirmada em tartarugas marinhas selvagens em Singapura, uma cidade-estado altamente urbanizada com costas fortemente modificadas. Aqui, relatamos a ocorrência de lesões sugestivas de FP observadas em duas tartarugas-verdes (Chelonia mydas) encalhadas em Singapura, apresentando tumores externos e internos. Para avaliar a presença viral, analisamos dados de sequenciamento do genoma completo gerados a partir de amostras de sangue e tecido de quatro tartarugas-verdes (Chelonia mydas) e quatro tartarugas-de-pente (Eretmochelys imbricata), incluindo indivíduos com e sem tumores visíveis. Foram utilizadas duas abordagens complementares: análise baseada em referência (BWA-MEM) e análise metagenômica (Kraken2). Leitura associadas ao Scutavirus chelonidalpha5 foram detectadas em todos os oito conjuntos de dados genômicos, com ambas as abordagens fornecendo detecção consistente e cruzada das sequências virais. As sequências virais foram detectadas em todos os conjuntos de dados genômicos, sem diferença significativa entre tartarugas com e sem tumores, sugerindo que cofatores adicionais do hospedeiro e ambientais, como estado imune, composição da microbiota e estressores antrópicos, provavelmente modulam a expressão da doença. Este estudo ilustra o valor da vigilância genômica para detectar infecções virais latentes em tartarugas tanto clinicamente afetadas quanto aparentemente saudáveis e apoia a necessidade de vigilância integrada genômica e ecológica da saúde de tartarugas marinhas, que pode informar estratégias de conservação, melhorar o manejo de ecossistemas e apoiar a resiliência das populações de tartarugas marinhas no Sudeste Asiático.

Resumo original em inglês

Fibropapillomatosis (FP) is a tumor-forming disease affecting sea turtles worldwide, linked to Scutavirus chelonidalpha5 (formerly known as chelonid alphaherpesvirus 5, ChHV5) and influenced by environmental stressors. Despite extensive studies elsewhere, FP has not been confirmed in wild sea turtles in Singapore, a highly urbanized city-state with heavily modified coastlines. Here, we report the occurrence of lesions suggestive of FP in Singapore observed in two stranded green turtles (Chelonia mydas) with external and internal tumors. To assess viral presence, we analyzed whole genome sequencing datasets generated from blood and tissue samples of four green turtles and four hawksbill turtles (Eretmochelys imbricata), including individuals with and without visible tumors. Two complementary approaches were used: reference-based analysis (BWA-MEM) and metagenomic analysis (Kraken2). Scutavirus chelonidalpha5-associated reads were detected in all eight genome datasets, with both approaches providing consistent and cross-validated detection of viral sequences. Viral sequences were detected in all genome datasets, with no significant difference between turtles with and without tumors, suggesting that additional host and environmental cofactors such as immune status, microbiome composition, and anthropogenic stressors likely modulate disease expression. This study illustrates the value of genomic surveillance for detecting latent viral infections in both clinically affected and apparently healthy turtles and supports the need for integrated genomic and ecological surveillance of sea turtle health which can inform conservation strategies, improve ecosystem management, and support the resilience of sea turtle populations in Southeast Asia.

Espécies citadas

• Chelonia mydas · tartaruga-verde
  ?

  Nomes populares variam entre regiões e uma mesma palavra pode designar espécies diferentes. Confira sempre o nome científico: Chelonia mydas.
• Eretmochelys imbricata · tartaruga-de-pente
  ?

  Nomes populares variam entre regiões e uma mesma palavra pode designar espécies diferentes. Confira sempre o nome científico: Eretmochelys imbricata.