Jerilyn A. Walker, Jessica M. Storer, Sarah O. Massey, Thomas O. Beckstrom, David A. Ray, Mark A. Batzer · Mobile DNA · 2026

Howler monkey Platy-1 and Alu SINEs: a resource for Alouatta genomics

Resumo em português

Resumo A recente descoberta de duas subfamílias específicas da linhagem de Platy-1 SINE (Elemento Curto Intercalado) ativas no genoma do bugio-de-manto (Alouatta palliata) [AloPal_v1] motivou análises por reação em cadeia da polimerase (PCR) para avaliar sua utilidade em genética populacional. Uma taxa de polimorfismo de 30% foi detectada por comparação com DNA de uma espécie cis-andina, Alouatta sara. Simultaneamente, seis novas montagens genômicas foram liberadas para espécies de Alouatta do clado cis-andino para comparação. Alouatta palliata também apresenta uma amplificação mais robusta de jovens Alu SINEs, comparada a outras espécies de Atelidae, incluindo um número limitado de inserções derivadas pré-AluTa15. Embora inserções de elementos móveis Alu (MEIs) tenham sido amplamente utilizadas para estudar a filogenia de primatas, SINEs ainda não foram aplicados na investigação das relações entre bugios (Alouatta). Este estudo reporta dados filogeneticamente informativos de presença/ausência e candidatos a oligonucleotídeos para PCR lócus-específica de 335 jovens elementos Alu de Alouatta palliata, bem como mais de 600 MEIs Platy-1 representando Alouatta palliata, Alouatta caraya, Alouatta belzebul, Alouatta discolor, Alouatta seniculus puruensis, Alouatta seniculus juara e Alouatta macconnelli. Esses conjuntos de dados fornecem um recurso valioso de MEIs 'idênticos por descendência' para estudos filogenéticos, genética populacional e estratégias de conservação de bugios, com aplicação em populações selvagens.

Resumo original em inglês

Abstract Recent discovery of two lineage-specific Platy-1 SINE (Short INterspersed Element) subfamilies, active within the genome of mantled howler monkey (Alouatta palliata) [AloPal_v1], prompted analyses by polymerase chain reaction (PCR) to evaluate their utility for population genetics. A polymorphism rate of 30% was detected by comparison to DNA from a cis-Andean species, A. sara. Concurrently, six new genome assemblies were released for Alouatta species from the cis-Andean clade for comparison. A. palliata also has a more robust amplification of young Alu SINEs, as compared to other Atelidae species, including a limited number of pre-AluTa15 derived insertions. While Alu mobile element insertions (MEIs), have been widely used to study primate phylogenetics, SINEs have not yet been utilized in the study of howler monkey (Alouatta) relationships. This study reports phylogenetically informative presence / absence data and candidate oligonucleotides for locus-specific PCR for 335 young Alu elements from A. palliata as well as over 600 Platy-1 MEIs representing A. palliata, A. caraya, A. belzebul, A. discolor, A. seniculus puruensis, A. s. juara and A. macconnelli. These datasets provide a valuable resource of ‘identical by descent’ MEIs for the study of howler monkey phylogenetics, population genetics and conservation strategies for application to wild populations.

Espécies citadas

• Alouatta palliata · bugio-da-américa-central
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  Nomes populares variam entre regiões e uma mesma palavra pode designar espécies diferentes. Confira sempre o nome científico: Alouatta palliata.