Qi Huang, Yongjun Sun, Linlin Zhao, Wenbo Zhu, Fei Shao, Jin Xu, Yongjian Qin · Fishes · 2026

Nanopore-Based Full-Length Transcriptome Sequencing: In-Depth Exploration of Green Sea Turtle ( Chelonia mydas ) Genome

Resumo em português

A tartaruga-verde (Chelonia mydas), uma espécie amplamente distribuída, desempenha um papel crucial na manutenção do ecossistema marinho. Contudo, estudos sobre C. mydas requerem informações precisas e abrangentes de anotação genômica. Dados de transcriptoma direto de longa leitura de C. mydas foram obtidos por sequenciamento direto de RNA na plataforma Oxford Nanopore Technologies (ONT) a partir de tecido sanguíneo de um indivíduo cativo único. Ao comparar os transcritos diretos de longa leitura com a anotação genômica de C. mydas, foram obtidos 4061 transcritos novos. Também foram previstas 2402 CDSs nos transcritos novos. Desses, 1208 (50,29%) possuíam informações funcionais anotadas em bancos de dados. Além disso, foram previstos e analisados eventos de splicing alternativo, transcritos de fusão, sítios de metilação, poli(A)s e lncRNAs no transcriptoma direto de longa leitura de C. mydas. No geral, nosso estudo fornece um transcriptoma direto sanguíneo de longa leitura para C. mydas para complementar e melhorar sua anotação genômica. Esse recurso valioso contribuirá para futuras pesquisas sobre C. mydas. Adicionalmente, as análises da estrutura do transcriptoma mencionadas acima podem oferecer novas perspectivas e ideias para o estudo de C. mydas.

Resumo original em inglês

The green sea turtle ( Chelonia mydas) , a widely distributed species, plays a crucial role in maintaining the marine ecosystem. However, studies on C. mydas require accurate and comprehensive genome annotation information. Long-read direct transcriptome data of C. mydas were obtained using direct RNA sequencing on the Oxford Nanopore Technologies (ONT) platform from blood tissue of a single captive individual. A total of 4061 novel transcripts were obtained by comparing long-read direct transcripts with genome annotation of C. mydas . We also predicted 2402 CDSs on the novel transcripts. Among them, 1208 (50.29%) had functional annotation information in the databases. In addition, we predicted and analyzed AS events, fusion transcripts, methylation sites, poly(A)s, and lncRNAs in the C. mydas long-read direct transcriptome. Overall, our study provides the a long-read direct blood transcriptome for C. mydas to complement and improve its genome annotation. This valuable resource will contribute to future research on C. mydas . Additionally, the analyses of transcriptome structure mentioned above may provide new insights and ideas for the study of C. mydas .

Espécies citadas

• Chelonia mydas · tartaruga-verde
  ?

  Nomes populares variam entre regiões e uma mesma palavra pode designar espécies diferentes. Confira sempre o nome científico: Chelonia mydas.