Storer JM, Walker JA, Massey SO, Beckstrom TO, Batzer MA. · Genes · 2026

Platy-1 SINEs from Thirteen Diverse Genomes Reveal Callithrichidae Unique Amplification, Recent <i>Alouatta</i> Mobilization and Insights into Platyrrhine Phylogenetics.

Resumo em português

CONTEXTO/objetivos Em 2023, relatamos que os saguis (gênero Saguinus), bigodeiro (Saguinus imperator) e sagui-de-mão-dourada (Saguinus midas) apresentaram uma ampla expansão independente de SINEs Platy-1 em comparação com genomas de platyrrinos previamente caracterizados entre os cebídeos tradicionais. Este estudo investiga a dinâmica de amplificação das inserções Platy-1 em treze genomas diversos representando cada família de Platyrrhini, incluindo dois da família Pitheciidae e três da família Atelidae. MÉTODOS Ao comparar a distribuição do conteúdo de subfamílias Platy-1, o conteúdo total de repetições intercaladas e a proximidade das inserções Platy-1 com, ou dentro de, outras repetições entre táxons evolutivos, este estudo começa a identificar características do panorama genômico que são exclusivas da família Callithrichidae e que se correlacionam com o conteúdo genômico de LINE (L1). RESULTADOS A radiação de Platy-1 em táxons não callitríquidos deriva principalmente de subfamílias antigas 1-4, 1-4a (conforme relatado aqui para o gênero bugios (Alouatta has)) e 1-5, enquanto callitríquidos proliferam números maiores de cópias Platy-1 por meio de surtos independentes de fontes muito mais jovens. A atividade de Platy-1 específica de linhagem foi notável em dois dos novos genomas estudados, tití-boliviano e bugio-vermelho-do-rio-juruá (Alouatta has), ambos com número relativamente baixo de cópias. Padrões variáveis de presença/ausência entre táxons evolutivos sustentam a ordem tradicional de ramificação dos platyrrinos Pitheciidae-Atelidae-Cebidae. Apenas um polimorfismo de inserção Platy-1-4a posicionou Aotidae entre Atelidae e Cebidae, em oposição a entre Cebidae e Callithrichidae. CONCLUSÕES Este estudo mostra que os callitríquidos, e os saguis do gênero Saguinus em particular, são únicos entre os platyrrinos no que se refere à sua extensa taxa de mobilização de Platy-1, uma dinâmica que parece estar correlacionada com o conteúdo genômico LINE (L1). Os bugios (Alouatta has) apresentam duas subfamílias jovens de Platy-1 específicas de linhagem. Com forte evidência de sorting incompleto de linhagem (ILS) e radiação rápida, o posicionamento preciso de Aotus permanece incerto.

Resumo original em inglês

Background/objectives In 2023, we reported that the tamarins (genus Saguinus ) Saguinus imperator and Saguinus midas have had an extensive independent expansion of Platy-1 SINEs compared to previously characterized platyrrhine genomes among traditional cebids. This study investigates the amplification dynamics of Platy-1 insertions across thirteen diverse genomes representing each Platyrrhini family, including two from Pitheciidae and three from Atelidae. Methods By comparing the distribution of Platy-1 subfamily content, total interspersed repeat content and the proximity of Platy-1 insertions to, or within, other repeats across evolutionary taxa, this study begins to identify genomic landscape features that are unique to family Callithrichidae that correlate with LINE (L1). Results Platy-1 radiation in non-callithrichid taxa derives primarily from older subfamilies 1-4, 1-4a (as reported here for genus Alouatta ) and 1-5, whereas callithrichids proliferate higher numbers of Platy-1 copies via independent bursts from much younger sources. Linage-specific Platy-1 activity was notable in two of the new genomes studied, Bolivian titi and mantled howler monkey, both with a relatively low copy number. Variable presence/absence patterns across evolutionary taxa support the traditional platyrrhine branching order Pitheciidae-Atelidae-Cebidae. Only one Platy-1-4a insertion polymorphism placed Aotidae between Atelidae and Cebidae, as opposed to between Cebidae and Callithrichidae. Conclusions This study shows that callithrichids, and Saguinus tamarins in particular, are unique among platyrrhines with regard to their extensive rate of Platy-1 mobilization, a dynamic that appears to be correlated with LINE (L1) genomic content. Alouatta has two young lineage-specific Platy-1 subfamilies. With strong evidence of incomplete lineage sorting (ILS) and rapid radiation, the accurate placement of Aotus remains elusive.