Burke D, Raychaudhuri J, Chuong E, Taylor W, Layer R. · PLoS computational biology · 2026

TEPEAK: A novel method for identifying and characterizing polymorphic transposable elements in non-model species populations.

Resumo em português

Tradução automática. Este texto foi traduzido do inglês por inteligência artificial a partir do resumo original do artigo. Pode conter imprecisões em termos técnicos e nomes de espécies. Consulte sempre o texto original e o artigo completo antes de citar, aplicar ou tomar decisão baseada neste conteúdo.

Licença desta tradução. Tradução automática para o português, obra derivada do resumo original. O texto foi alterado em relação ao original. O original é CC BY 4.0, com atribuição aos autores. CC BY 4.0.

Elementos transponíveis (TEs) se replicam dentro dos genomas e são uma fonte ativa de variabilidade genética em muitas espécies. Seu papel na imunidade e domesticação ressalta sua importância biológica. Contudo, analisar TEs, especialmente em populações menos estudadas e selvagens, apresenta desafios consideráveis. Para isso, apresentamos o TEPEAK, uma abordagem simples e eficiente para identificar e caracterizar TEs em populações sem qualquer informação prévia de sequência ou loci. Além de processar genomas submetidos pelo usuário, o TEPEAK integra-se ao Sequence Read Archive (SRA) do National Center for Biotechnology Information (NCBI) para aumentar o tamanho das coortes ou incorporar espécies próximas. Nossa aplicação do TEPEAK em 257 genomas de cavalos abrangendo 11 grupos reafirmou histórias genéticas estabelecidas e destacou interrupções em genes cruciais. Alguns TEs identificados também foram detectáveis em espécies próximas aos cavalos. O TEPEAK abre caminho para uma análise abrangente da variação genética em populações tradicionalmente pouco estudadas ao simplificar o estudo de TEs. O TEPEAK é open-source e está disponível gratuitamente em https://github.com/ryanlayerlab/TEPEAK.

Resumo original em inglês

Transposable elements (TEs) replicate within genomes and are an active source of genetic variability in many species. Their role in immunity and domestication underscores their biological significance. However, analyzing TEs, especially within lesser-studied and wild populations, poses considerable challenges. To address this, we introduce TEPEAK, a simple and efficient approach to identify and characterize TEs in populations without any prior sequence or loci information. In addition to processing user-submitted genomes, TEPEAK integrates with the National Center for Biotechnology Information (NCBI) Sequence Read Archive (SRA) to increase cohort sizes or incorporate proximate species. Our application of TEPEAK to 257 horse genomes spanning 11 groups reaffirmed established genetic histories and highlighted disruptions in crucial genes. Some identified TEs were also detectable in species closely related to horses. TEPEAK paves the way for comprehensive genetic variation analysis in traditionally understudied populations by simplifying TE studies. TEPEAK is open-source and freely available at https://github.com/ryanlayerlab/TEPEAK.

Fonte e licença. Publicado sob CC BY. DOI: 10.1371/journal.pcbi.1013122. Ler o artigo completo na fonte ↗

O texto completo do artigo permanece na fonte.

Dados de terceiros. Metadados bibliográficos do Europe PMC, DOAJ, Crossref e OpenAlex. Taxonomia do GBIF — Global Biodiversity Information Facility, Backbone Taxonomy sob CC BY 4.0.

Acompanhe este tema.
Crie uma conta gratuita e receba artigos novos sobre as espécies que você segue.