Cardoso AL, Tavares FdS, Moreira CdN, Pap VR, Nascimento LAS, Rodrigues ALF, Sena LS, Martins C, Noronha RCR. · 2026

The first draft genome of the Amazonian manatee (Trichechus inunguis) provides insights into genome evolution and freshwater adaptation in Sirenia

Resumo em português

RESUMO Este estudo apresenta o primeiro genoma preliminar do peixe-boi amazónico (Trichechus inunguis), a única espécie de sirênio exclusivamente de água doce, contribuindo para a compreensão da evolução genômica, adaptação ao ambiente de água doce e conservação da espécie. O genoma foi sequenciado usando a tecnologia Illumina, empregando leituras pareadas de 151 pb e atingindo aproximadamente 37× de cobertura. Montagens iniciais eram altamente fragmentadas; entretanto, a scaffoldagem guiada por referência com RagTag, utilizando o genoma em nível cromossômico de T. senegalensis, aumentou a completude BUSCO para 98,8% no espécime feminino e 96,7% no masculino. Os tamanhos do genoma foram 2,89 Gb (fêmea) e 2,75 Gb (macho), menores que os de T. manatus (3,10 Gb) e T. senegalensis (3,19 Gb). Um total de 19.001 genes codificadores de proteínas foi identificado em T. inunguis, com 89,1% dos genes BUSCO anotados como completos. Elementos repetitivos representaram 48,52% do genoma feminino e 46,54% do masculino, com predominância de retroelementos e LINE-1/L1-CIN4, correspondendo a 13,46% do genoma. Análises comparativas revelaram expansão de famílias gênicas associadas à sinalização via receptores acoplados à proteína G, canais iônicos, metabolismo oxidativo e transporte, potencialmente ligados à adaptação ao ambiente amazônico. Este genoma serve como recurso fundamental para estudos evolutivos, populacionais e de conservação.

Resumo original em inglês

Abstract This study presents the first draft genome for the Amazonian manatee ( Trichechus inunguis ), the only exclusively freshwater sirenian species, contributing to the understanding of genomic evolution, adaptation to the freshwater environment and species conservation. The genome was sequenced using Illumina technology, employing 151 bp paired-end reads and achieving approximately 37× coverage. Initial assemblies were highly fragmented; however, reference-guided scaffolding with RagTag using the chromosome-level genome of T. senegalensi s increased BUSCO completeness to 98.8% for the female and 96.7% for the male. The genome sizes were 2.89 Gb (female) and 2.75 Gb (male), smaller than those of T. manatus (3.10 Gb) and T. senegalensis (3.19 Gb). A total of 19,001 protein-coding genes were identified in T. inunguis , with 89.1% of BUSCO genes annotated as complete. Repetitive elements accounted for 48.52% of the female genome and 46.54% of the male genome, with a predominance of retroelements and LINE-1/L1-CIN4, which corresponded to 13.46% of the genome. Comparative analysis revealed an expansion of gene families associated with G-protein-coupled receptor signaling, ion channels, oxidative metabolism and transport, potentially linked to adaptation to the Amazonian environment. This genome serves as a fundamental resource for evolutionary, population and conservation studies.

Espécies citadas

• Trichechus inunguis · peixe-boi amazónico
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  Nomes populares variam entre regiões e uma mesma palavra pode designar espécies diferentes. Confira sempre o nome científico: Trichechus inunguis.