Nurcan Önen, Bahadır Törün, Can Yılmaz · Veterinary Sciences · 2026

Whole-Genome Sequencing and Comparative Genomic Analysis of Citrobacter farmeri and Enterobacter cloacae from Unhatched Green Turtle Eggs

Resumo em português

Bactérias associadas a ovos não eclodidos de tartarugas marinhas permanecem pouco caracterizadas em nível genômico. Este estudo fornece uma caracterização em escala genômica de isolados bacterianos recuperados de ovos não eclodidos da tartaruga-verde (Chelonia mydas) na praia de Akyatan — um sítio crítico de nidificação no Mediterrâneo Oriental. Amostrando 30 ninhos durante a temporada de desova, isolamos bactérias de cascas infectadas e embriões mortos. Após identificação por espectrometria de massas por dessorção/ionização a laser assistida por matriz (MALDI-TOF MS) e validação pelo gene 16S rRNA, realizamos o sequenciamento do genoma completo (WGS) de Citrobacter farmeri e Enterobacter cloacae, dois patógenos oportunistas de significativa preocupação clínica e ecológica. Genomas preliminares de alta qualidade revelaram notável versatilidade metabólica, particularmente nas vias do carbono e nitrogênio. Destaca-se a identificação de extensos resistomas, incluindo resistência a β-lactâmicos, fluoroquinolonas e aminoglicosídeos, juntamente com fatores de virulência para adesão e aquisição de ferro. A análise de ANI confirmou alta similaridade genômica com cepas clínicas de referência; a análise comparativa genômica revelou um substancial pool de genes acessórios, sugerindo potencial flexibilidade genômica entre os dois isolados. Esses achados fornecem a primeira visão em escala genômica desses patógenos em ninhos de C. mydas, ressaltando seu potencial genômico para patogenicidade oportunista. Nossos resultados defendem a integração da vigilância genômica microbiana na gestão das praias de nidificação sob a perspectiva “One Health”.

Resumo original em inglês

Bacteria associated with unhatched sea turtle eggs remain poorly characterized at the genomic level. This study provides genome-scale characterization of bacterial isolates recovered from unhatched green sea turtle ( Chelonia mydas ) eggs at Akyatan Beach—a critical nesting site in the Eastern Mediterranean. Sampling 30 nests during the nesting season, we isolated bacteria from infected eggshells and dead embryos. Following Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry(MALDI-TOF MS) identification and 16S rRNA validation, we performed whole-genome sequencing (WGS) on Citrobacter farmeri and Enterobacter cloacae , two opportunistic pathogens of significant clinical and ecological concern. High-quality draft genomes revealed remarkable metabolic versatility, particularly within carbon and nitrogen pathways. Most notably, we identified extensive resistomes including resistance to β -lactams, fluoroquinolones, and aminoglycosides, alongside virulence factors for adhesion and iron acquisition. ANI analysis confirmed high genomic similarity to clinical reference strains, comparative genomic analysis revealed a substantial accessory gene pool, suggesting potential genomic flexibility between the two isolates. These findings provide the first genome-scale insight into these pathogens in C. mydas nests, and highlighting their genomic potential for opportunistic pathogenicity. Our results advocate for integrating genomic microbial surveillance into nesting beach management through a ‘One Health’ lens.

Espécies citadas

• Chelonia mydas · tartaruga-verde
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  Nomes populares variam entre regiões e uma mesma palavra pode designar espécies diferentes. Confira sempre o nome científico: Chelonia mydas.